Les travaux de l’inventaire des Éphémères de France métropolitaine permettent, à ce jour, de dresser une liste de 140 espèces, présentée ci-après selon l'ordre phylogénétique de McCafferty (1996) et de McCafferty & Wang (2000). Des concepts génériques ont été adoptés : Alainites Waltz & McCafferty, 1994; Labiobaetis Novikova & Kluge, 1987; Nigrobaetis Novikova & Kluge, 1987 (suivant ainsi Thomas & Masselot 1996, Barber-James et al 2013), Serratella Edmunds, 1959 (selon Jacob 1993, Barber-James ibid), enfin Dacnogenia Kluge, 1987 et Kageronia Matsumura, 1931 (selon Masselot & Nel 1999, Barber-James ibid). Nous utilisons le genre Baetopus Keffermüller, 1960 pour y placer l’espèce B. tenellus au lieu du genre Raptobaetopus Müller-Liebenau, 1978 (voir Kluge & Novikova 1992, Bauernfeind & Moog 2001), et le genre  Anapos Yanai & Sartori, 2017 pour l'espèce A. zebratus  (voir Yanai et al. 2017). En revanche, pour le genre Cloeon,  nous n'avons conservé,  pour le moment, que les deux seules espèces C. dipterum et C. simile. Le concept des espèces affines C. cognatum, C. degrangei, C. inscriptum, C. praetextum et C. schoenemundi est en effet appréhendé de manière différente selon les auteurs de publications générales sur la systématique ou la chorologie des éphémères de l'Ouest Paléarctique, à un échelon national ou régional. Enfin, nous avons validé l'espèce Rhithrogena picteti au lieu de R. iridina picteti, selon les travaux de Sowa & Degrange (1987). Les deux seules citations de Rhithrogena iridina connues de France (Reding & Sartori 1995, Jacquemin & Coppa 1996) se rapportent bien à R. picteti (com. pers. des auteurs).

Comme il n’existe encore aucune clé de détermination des éphéméroptères pour la faune de France (c’est une des missions en prolongement de notre programme), nous avons dû utiliser celles pour divers pays européens, notamment : Macan (1970), Kimmins (1972), Alba-Tercedor (1981) Belfiore (1983), Elliott & Humpesch (1983), Elliott et al. (1988), Studemann et al. (1992), Bauernfeind (1994, 1995), Engblom (1996), Bauernfeind & Humpesch (2001). Comme ces documents concernent des faunes différentes de la faune française, certains taxons n’y figurent pas, et ont donc nécessité une mise à niveau des outils de détermination à la disposition des collaborateurs de l’inventaire, notamment à l'aide des travaux majeurs d'auteurs sur certains genres : Habroleptoides (Sartori 1986, Sartori & Jacob 1986), Caenis (Malzacher 1984), Baetis (Müller-Liebenau 1969), Ecdyonurus (Thomas 1968, Haybach 1999), Electrogena (Belfiore 1997) ou Rhithrogena (Sowa 1969, 1971, 1984; Sowa & Soldán 1984, 1986; Sowa & Degrange 1987a, 1987b; Alba-Tercedor & Sowa 1987; Soldán & Landa 1999), … Enfin, la clé d’identification de la Faune des éphémères d’Allemagne, illustrée d’une riche iconographie (Eiseler 2005) permet de compléter cet ensemble, tout comme l’ouvrage de Bauernfeind & Soldán 2012, synthèse des descriptions, de la taxinomie, et de la systématique des espèces européennes.

5 espèces n'ont pas encore été retrouvées, la présence d’Epeorus sylvicola sur le territoire national étant d’ailleurs fragile parmi celles-ci, suite à la mise en synonymie de l’espèce E. assimilis (voir Puthz 1978), synonymie postérieurement levée (Thomas et al. 1999). Elles sont présentées avec un « * » dans la liste ci-dessous. 4 d’entre elles sont citées du catalogue de 1996 qui mentionnait 149 espèces dont 133 sont considérées comme présentes et 18 comme potentielles pour la France par Thomas & Masselot (mais desquelles Baetis gemellus et Rhithrogena iridina peuvent être retirées) ; et 1 concerne une addition à la faune de France, postérieure à ce catalogue (Chovet & Lécureuil 2001). Nous adoptons la synonymie Rhithrogena colmarsensis Sowa, 1984 = Rhithrogena dorieri Sowa, 1971 proposée par Lubini et al. 2012. Enfin, nous considérons Rhithrogena mariaedominicae comme une bonne espèce, différente de R. puthzi. Cela élimine la présence antérieure de R. puthzi sur notre territoire, qui ne reposait que sur cette seule synonymie.

En l’état actuel de la systématique adoptée, cela porterait la liste des éphémères de France à 145 espèces, pour 42 genres et 16 familles.

Elle est donnée ci-dessous, dans un fichier au format pdf, avec un numéro d’ordre arbitraire attribué à chaque espèce recensée par l’inventaire, pour faciliter la lecture. Les principales synonymies et les combinaisons binominales originales sont mentionnées.