Ce chapitre est destiné à donner des informations complémentaires sur des milieux aquatiques préférentiellement colonisés par certains groupes d'insectes aquatiques: familles, genres, voire espèces. Cela permet, outre de compléter les données sur la biologie de ces animaux, d'élargir le champ des recherches sur le terrain, tous les milieux humides étant capables d'héberger les insectes dont nos inventaires ont pour but de préciser la répartition. On rappellera qu'il conviendra d'être respectueux des milieux visités, le plus souvent fragiles.

Les Ephémères, Plécoptères et Trichoptères sont liés aux milieux aquatiques, courants ou stagnants, les larves menant leur cycle dans l'eau, et ce pour la très grande majorité des espèces, puisque seuls les Trichoptères du genre Enoicyla vivent en dehors de cet élément, bien qu'ils réclament une certaine humidité (mousse des sous-bois,...).
Les adultes, pour leur part, mènent une vie aérienne et peuvent, selon les groupes, s'éloigner plus ou moins de l'eau. Chez les éphémères, il est possible d'observer des essaims de mâles en vol pendulaire au-dessus des prairies, surtout en montagne, à plusieurs centaines de mètres d'un ruisseau supposé. Par ailleurs, les adultes effectuent une migration vers l'amont du cours d'eau, en le suivant, qui aurait pour effet de compenser la dérive des larves vers l'aval, emportées par le courant. Plus étrange est la capture de certains individus à plusieurs kilomètres d'un milieu semblant leur correspondre, mais il s'agit de collectes réalisées à l'aide de pièges lumineux, et il conviendrait de mieux connaître le pouvoir attractif de ce mode de capture. La vie relativement brève de ces insectes (de quelques heures à deux semaines tout au plus pour les femelles d'un petit nombre d'espèces) semble empêcher des migrations sur une longue distance. Tout au plus, des vents dominants pourraient déplacer des individus d'un cours d'eau vers un autre, mais cela paraît rester aléatoire.
Les Plécoptères adultes demeurent également très près de l'eau, dans la végétation rivulaire ou les interstices des éléments minéraux des berges. Ce sont de mauvais voiliers, certains genres montrant une atrophie plus ou moins prononcée des ailes des mâles. Leur vie est également assez brève, surtout pour les espèces qui ne se nourrissent.pas à cette phase.
En revanche, les Trichoptères sont de bien meilleurs voiliers, ce qui ne signifie pas qu'ils accomplissent pour autant de grands déplacements. La vie des adultes n'excède pas deux semaines pour certaines espèces, et peut atteindre plusieurs mois pour d'autres, selon le temps nécessaire à l'acquisition de la maturité sexuelle. On peut observer des vols spectaculaires en essaim, rapides, souvent au ras de l'eau, mais d'autres espèces sont peu mobiles, à l'abri dans la végétation.

L'étude des milieux aquatiques a conduit à définir le plus fidèlement possible, les interactions entre tous les paramètres, physiques et biologiques, qui façonnent un cours d'eau. Parmi les très nombreux travaux qui participent à l'évolution de cette connaissance, et ce depuis plus d'un demi-siècle, le modèle de la zonation amont-aval d'un cours d'eau élaboré par Illies & Botosaneanu (1963), est toujours utilisé. Il définit trois grandes "zones", en retenant divers paramètres (pente, débit, température, communauté des invertébrés aquatiques,...):

• le crénal
• le rhithral
• le potamal

Si ce modèle reste, comme tous les autres, imparfait, et ce pour de multiples raisons -choix et repérage des divers paramètres qui entrent en jeu dans un système très complexe, détermination des êtres vivants et notamment de la macrofaune benthique, outils de traitement des informations recueillies,...-  il présente néanmoins l'avantage de dresser des grandes lignes et permettre de comparer des cours d'eau ou certains de leurs secteurs. Certes, les frontières de zones sont souvent peu tranchées, certains cours d'eau montrant même des inversions (cas de ruisseaux de montagne) en raison du relief, de l'altitude, la latitude, l'ensoleillement, des aménagements humains,...
Il est préférable, pour l'entomologiste, de rechercher dans ces zones les habitats où chaque espèce est présente et peut y accomplir son cycle de vie. Certaines sont très adaptées à un milieu très particulier (on parlera de micro-habitat, ou de micro-milieu): un dépôt de brindilles près de la berge, une pierre recouverte de mousse aquatique, un herbier dans un courant, un banc de sable,...) et donc à des valeurs particulières de caractéristiques (température, teneur en dioxygène dissous, débit,...); d'autres sont écologiquement plus plastiques et peuvent coloniser plusieurs micro-habitats. Quelle que soit sa situation amont-aval, un même micro-habitat, dès lors que ses caractéristiques sont identiques, peut abriter les mêmes espèces. Ce peut être le cas, sauf si l'éloignement ne permet pas, ou plus dans le cas d'une perturbation, cette colonisation ou recolonisation. On remarquera qu'un micro-habitat sera plus fréquent dans une zone que dans une autre, ce qui relie les deux approches d'étude.

Cette notion de recherche des habitats préférentiellement colonisés par les Ephémères, Plécoptères et Trichoptères, nous a conduits à constituer douze classes dans lesquelles certains types de micro habitats (micro milieux) sont majoritaires:

• T1: sources et exsurgences de petits débits
• T2: suintements, écoulements fins
• T3: résurgences à débit soutenu
• T4: ruisselets et ruisseaux, torrents, d'une largeur au plus égale à deux mètres
• T5: chutes et cascades, cours des torrents sur de gros blocs rocheux
• T6: petites et moyennes rivières, torrents, de deux à douze mètres de large
• T7: rivières de piémont à courant soutenu, cours aval des torrents
• T8: grandes rivières de plaine, grands fleuves dans leur cours moyen et aval, canaux,
• T9: lacs, étangs, gravières et ballastières
• T10: mares, fossés, rigoles de drainage, bassins, lavoirs, lavagnes, flaques, ornières,...
• T11: plaines et champs inondés, marais,...
• T12: milieu terrestre (pour les larves): litière, feuillage, mousses,...

Les huit premières classes appartiennent plutôt aux milieux courants, les trois suivantes aux milieux stagnants. Certains peuvent être temporaires, selon le régime des pluies (ruisseaux méditerranéens par exemple, ruisseaux d'altitude en été,...). T1 à T3, voire une partie de T4, sont apparentés au crénal, T4 à T7 au rhithral, T8 au potamal. Plus d'une trentaine d'habitats différents sont ainsi colonisés par les EPT. Ils sont présentés dans les pages suivantes, avec des espèces caractéristiques qui y sont prioritairement inféodées et colonisent des micro habitats particuliers